对于出资情况，自传中提到：娃哈哈前身杭州保灵儿童营养食品厂的启动资金，全部来自宗庆后及员工代销花粉的预付款和银行贷款，“国家并没有一分钱投资，完全依靠企业自筹资金滚动发展起来”。

不过，杭州保灵儿童营养食品厂的诞生，上城区相关部门确实提供过帮助。

中国经济网2007年的报道中提到，1987年宗庆后在杭州市计划委员会申请的校办企业，有上城区教育局校办企业办公室提供的10万元贷款、调拨的10万元设备、以及划拨的场地、调配的工人，同时校办工厂享受着多项国家政策上的优惠。

这些都为娃哈哈后来的诞生和发展提供了基础和环境，但也在产权归属上留下了争议。

类似的历史遗留问题，不少民企曾经借助企业改制的机会进行“正本清源”。宗庆后在上世纪90年代也曾试图解决过，然而即便在1999年时任浙江省副省长过问的情况下，上城区国资委也只转让了5%股权给娃哈哈职工持股会，并形成了延续至今的股权架构。

由于经历了复杂的发展历程，时至今日娃哈哈集团在娃哈哈体系内的占比并不高，以2022年末净资产计算，集团资产占整个娃哈哈系总资产的15.67%，营收占比也仅为2.74%。

娃哈哈核心的生产、营销、投资等业务，并不在集团架构下，而是在宗氏持有股权架构之下。集团的国资身份和占大多数的民企资产，共同形成了娃哈哈系庞大的架构。